Las manchas solares son zonas bastante más frías. Aparecen como puntos oscuros en la fotosfera (la capa de plasma visible en la superficie del sol). Estas regiones "frescas" tienen unos 1.000 grados menos que el resto de la temperatura de superficie y se asocian con fuertes campos magnéticos.
Cruzar las líneas de los campos magnéticos puede interrumpir el flujo de energía del núcleo, por lo que se crean bolsas de intensa actividad. La acumulación de calor alrededor de una mancha solar puede liberarse como erupción solar o como eyección de masa coronal, que aunque es un fenómeno distinto a veces va acompañada de grandes erupciones. En las eyecciones el plasma sale a más de 1.5 millones de kilómetros por hora.
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